Estoy casado en separación de bienes y tengo un vivienda, queremos separarnos ¿ Puede comprar mi mujer una vivienda de vpo tras la separación?

Si.
Ella no tiene ningún inmueble a su nombre, requisito imprescindible para entrar a concurso de una vpo.
Mis padres tienen una, y un de sus vecinos la adquirió con una pequeña trampa, por decirlo de algún modo, pero te sirve para ver que tiene derecho: este tipo no se ha casado nunca con su pareja, tienen 2 hijos, la casa es de ella por herencia familiar. Por lo que alegó que ya no estaban juntos (es un pueblo y todos sabemos que es mentira), y se la concedieron.
En resumen, tiene derecho, así que suerte y que se la concedan.
Un consejo: al ser subvencionadas tienes q firmar con el banco que digan (ese fue nuestro caso, es vpo con subvención y en la ccm, que es la caja de la comunidad autónoma que nos la concede). Como no deben ganar mucho con estas cosas intentan colarte algo. A nosotros era un seguro de vida de 500 euros mensuales, lo que nos suponía una hipoteca de casi 800(que es lo mismo que una normal), nos dijeron que era obligatorio, no nos lo creímos. Yo al del banco le solté que el seguro de vida de mi padre era yo, que heredaría la casa con la hipoteca y le dije unas cuantas cosas más (me soltó que a mis padres les quedaba poco de vida (tenían 50 años). El caso es que nos informamos bien, y fuimos a reclamar a la central, nos quitaron el seguro ese de vida, y nos pidieron que no se lo contasemos a los demás vecinos. Por supuesto lo contamos, y todos reclamaron. Así que se informe bien, que el banco no le cuele ninguna.