prestamo y devolucion dinero entre matrimonio para compra vivienda

mi mujer (casados en separación de bienes) me prestó dinero suyo (40m€) hace un par de años para que quitará la hipoteca de una casa solo a mi nombre; firmamos un contrato privado pero no lo llevamos a ninguna administración pública para visarlo. en su día hacienda no dijo nada, y en las declaraciones de la renta no metimos este concepto.
ahora ya tengo ese dinero para devolvérselo y me asalta la duda de sí se lo devuelvo de golpe hacienda sí pueda decir algo.
la pregunta es cómo puedo (sí puedo) devover ese dinero de golpe sin tener luego problemas con hacienda o CM de Madrid.
sí no puedo, tendría que hacer transferencias mensuales menores de 3m€ hasta completar la devolución?