Como podria inscribir en las escrituras 50 m2 que tengo de más en mi piso, como resultado de unas obras realizadas por el dueño en esa fecha.

Hay que distinguir entre superficie de vivienda y de anejos como garaje, trastero,etc.
Puedes solicitar al registro de la propiedad la inscripción de la corrección de la superficie, levantando previamente un acta notarial con un certificado de un arquitecto y la certificación catastral que acredita la superficie real.
Consulta antes con un arquitecto o abogado urbanista de tu municipio si la legalidad urbanística ampara esa superficie real.pudiera ocurrir, si compraste la vivienda de 2ª Mano, que el anterior propietario hubiese incorporado a la vivienda algún anejo.
Consulta en el ayuntamiento el proyecto que obtuvo la licencia de 1ª Ocupación, para aclarar esa diferencia de superficie.