Puede el mediador pedir una indemnización si hay contrato de arras firmado y se anula la operación con posterioridad

Depende de lo que diga exactamente el contrato de arras y del papel que tuviera el mediador/agencia en él. Como regla general, las arras (normalmente penitenciales, art. 1454 CC) regulan la relación entre comprador y vendedor: si la operación se anula, lo natural es perder o devolver el doble de la señal según quién incumpla, pero eso no da automáticamente derecho al mediador a reclamar una indemnización aparte, salvo que:

Exista un contrato de mediación/encargo firmado aparte con el mediador, donde se pacte expresamente una comisión también si la operación se frustra por causas imputables a una de las partes (cláusula habitual en algunos contratos de agencia).
El propio contrato de arras mencione al mediador como parte con derecho a compensación (poco habitual, pero posible si lo redactó la agencia).