En un contrato de alquiler para 5 años prorrogable anualmente, el inquilino esta obligado a pagar el año completo despues del primer año, o se puede dejar la vivienda sin obligacion de pagar la totalidad de los meses restantes?

Depende de las cláusulas del contrato que, en cualquier caso, no pueden estar en contra de la ley de arrendamiento. El inquilino dando el preaviso establecido en el contrato que, insisto no puede ser contrario a la ley o abusivo, tiene el derecho a rescindirlo cuando lo crea oportuno.