El Supremo fija que la prescripción empieza con la sentencia que reconoce el pago indebido a Hacienda

¿Cuándo empieza a contar el plazo para reclamar a Hacienda la devolución de ingresos indebidos? El Tribunal Supremo acaba de dar una respuesta que cambia las reglas del juego en un asunto clave para empresas y contribuyentes.

La sentencia núm. 1.063/2025, de 21 de julio, resuelve una disputa que arrancó hace más de 15 años y que enfrenta a una compañía con la Agencia Tributaria por una devolución del IVA que consideraba prescrita.

Contradicción de Hacienda y respuesta del Tribunal Supremo

En 2008, la empresa ingresó de forma cautelar 156.277,81 euros de IVA tras recibir una inspección. El movimiento fue preventivo: quería evitar conflictos con la Administración sobre la deducción de dos facturas.

Un año después, la Agencia Tributaria remitió el caso al Ministerio Fiscal, convencida de que podía haber delito. Tras un largo proceso penal, en 2016 llegó la sentencia: absolución. Los jueces concluyeron que no había pruebas de falsedad ni fraude.

Con el fallo absolutorio en la mano, la empresa pidió a Hacienda que le devolviera el dinero. La respuesta fue negativa: según la Administración, el derecho había prescrito porque el ingreso se hizo en 2008 y el plazo de cuatro años ya estaba agotado.

Sin embargo, el alto tribunal ha desmontado este razonamiento, dando un giro al caso y aclarando que el ingreso solo podía considerarse indebido una vez conocida la sentencia penal absolutoria firme, pues fue la propia Administración la que provocó el proceso penal y paralizó durante más de ocho años el procedimiento inspector.

El Supremo reprocha la contradicción de Hacienda: tras reconocer en 2017 que había prescrito su facultad de liquidar, denegó la devolución alegando prescripción del derecho del contribuyente. El fallo insiste en que la Administración no puede beneficiarse de su propia inactividad ni de la incertidumbre que ella misma generó.

El dies a quo en devoluciones de ingresos indebidos según el Tribunal Supremo

El fallo del Supremo deja claro cómo debe aplicarse el artículo 66.c) de la Ley General Tributaria (LGT) en los casos de devolución de ingresos indebidos. La clave está en el momento en que empieza a contarse el plazo de prescripción.

La Sala de lo Contencioso aclara que, en casos como el presente, el plazo de prescripción para instar la devolución no comienza con la fecha del ingreso, sino en el momento en que este puede considerarse efectivamente indebido.

Cuando esa certeza depende del resultado de un proceso penal iniciado por la propia Administración, el dies a quo se sitúa en la fecha en que se conoce la sentencia penal firme que confirma la improcedencia del pago.

De esta manera, el tribunal aplica el principio de la actio nata, que impide que los plazos comiencen a correr antes de que el contribuyente tenga un conocimiento real y efectivo de su derecho a reclamar.

En opinión de José María Salcedo, Socio Director de Salcedo Tax Litigation y abogado especialista en litigación tributaria, la doctrina de la actio nata no es nueva. De hecho, el Tribunal Supremo se refiere a su sentencia de 11-6-2020 (recurso 3887/2017) que analizó el supuesto de un contribuyente que solicitó la rectificación de su autoliquidación una vez transcurrido con creces el plazo de prescripción. Ello, al enterarse de la regularización practicada a otro contribuyente que le había pagado unas comisiones, siendo éstas calificadas como dividendos por Hacienda y los Tribunales. Es decir, la regularización practicada a ese otro contribuyente, y el cambio de calificación jurídica de las comisiones cobradas fue lo que motivó que el ingreso realizado en su día fuera indebido, originándose en ese momento el derecho a solicitar su devolución.  

Sin embargo, el hecho de que en este caso se aplique en un supuesto mucho más extremo (con una sentencia penal absolutoria de por medio), y habiendo transcurrido muchos años desde que se realizó el ingreso, confirman la actualidad de esta doctrina y su plena vigencia, zanja Salcedo.

Además, el abogado recuerda que la doctrina de la actio nata también se aplica en algún caso a favor de la Administración. Ejemplo de ello es el inicio retardado del plazo de prescripción del derecho de la Administración a dictar liquidación en algunos supuestos, como por ejemplo el de la exención por reinversión en vivienda del IRPF. Y es que por mucho que se haya declarado la exención de la ganancia en el ejercicio en que se ha vendido la vivienda, hasta que no transcurre el plazo de dos años que tiene el contribuyente para reinvertir, y se verifica que no lo ha hecho, no nace el derecho de Hacienda a dictar liquidación para suprimir la exención. Por tanto, por aplicación de la doctrina de la actio nata la prescripción del derecho a liquidar se inicia en este caso una vez se puede verificar que la reinversión no se ha materializado (2 años desde la venta), y en consecuencia la Administración puede suprimir la exención por este motivo.

Impacto de la sentencia del Supremo para empresas y contribuyentes

La decisión del Supremo va más allá de un caso concreto y tiene un alcance general para empresas y particulares: su efecto se deja notar especialmente en los procedimientos tributarios que terminan vinculados a la vía penal.

En primer lugar, refuerza la seguridad jurídica de los contribuyentes, que no están obligados a iniciar reclamaciones mientras la causa penal siga abierta. También cierra la puerta a que Hacienda alegue prescripción en su beneficio cuando ha sido ella misma quien ha creado la incertidumbre con sus actuaciones.

Además, el alto tribunal recuerda la importancia del principio de neutralidad del IVA, que garantiza que los empresarios no soporten cargas fiscales que no les corresponden. En este caso, el Supremo ha ordenado a la Administración devolver los 156.277,81 euros, junto con los intereses legales generados desde la fecha del ingreso.

¿Cómo afecta la prescripción al derecho a reclamar ingresos indebidos?

El plazo general es de cuatro años, como cita el artículo 66 de la LGT al que ya nos hemos referido. Sin embargo, aunque esta es la referencia, hay que tener en cuenta que puede interrumpirse o empezar a contar más tarde.

De hecho, este pronunciamiento del Supremo aclara que el cómputo no siempre empieza el día del ingreso, debiendo arrancar cuando el contribuyente tiene conocimiento real de que el pago fue indebido; en este caso, tras una sentencia penal absolutoria.

Documentación para presentar la solicitud de devolución de ingresos indebidos

Normalmente se requiere la autoliquidación o declaración donde conste el ingreso, los justificantes bancarios de pago, la resolución o documento que acredite que el ingreso fue indebido y, en su caso, sentencias o resoluciones judiciales que lo confirmen. Cada caso es diferente, pero un buen expediente documental facilita la devolución.

Antes de iniciar una reclamación formal ante Hacienda conviene revisar toda la documentación, calcular los plazos y valorar la estrategia. En muchos casos, un escrito bien fundamentado presentado en vía administrativa evita tener que acudir a los tribunales, ahorrando tiempo y costes.

Efectos de la sentencia del Supremo sobre devoluciones de ingresos indebidos

La sentencia supone un punto de inflexión en la interpretación de la prescripción en devoluciones de ingresos indebidos. Los contribuyentes cuentan con una garantía adicional frente a procedimientos que se dilatan en el tiempo y frente a la estrategia de Hacienda de invocar la prescripción desde el primer día.

El mensaje del Supremo es claro: la Administración no puede beneficiarse de sus propios retrasos ni de la incertidumbre que ella misma provoca. Una doctrina que, sin duda, marca un precedente importante para futuros litigios, equilibrando la balanza entre la Administración y el ciudadano y abriendo la puerta a recuperar cantidades que antes se daban por perdidas.

En opinión de José María Salcedo, “se trata de una sentencia muy importante, y que abre las puertas a solicitar la devolución de ingresos indebidos incluso en supuesto en los que aparentemente dicha vía parecía cerrada. Y es que a partir de ahora el advenimiento de cualquier hecho o circunstancia que suponga que un ingreso tributario hasta entonces procedente fue en realidad indebido, iniciará el plazo de prescripción para solicitar su devolución.”